ŽUVININKYSTĖS KONTROLĖS DEPARTAMENTAS VYKDO ŠIAS FUNKCIJAS:

• planuoja ir vykdo žvejybos kontrolę Baltijos jūroje, nustatytose žvejybos produktų iškrovimo, pirminio pardavimo ir supirkimo vietose, žvejybos produktų perdirbimo įmonėse ir žvejybos produktų transportavimo metu, atlieka Lietuvos Respublikos žvejybos laivų vykdomos žvejybos veiklos tolimuosiuose žvejybos rajonuose kontrolę, tikrina žvejybos produktų iškrovimo ir perkrovimo iš Lietuvos Respublikos, ES ir trečiųjų šalių žvejybos laivų Baltijos jūros Lietuvos ekonominėje zonoje ir Klaipėdos jūrų uoste;
• vydo Lietuvos Respublikos žvejybos laivų veiklos stebėseną ir priežiūrą Lietuvos žuvininkystės kontrolės ir stebėsenos informacinių sistemų atitinkamais moduliais;
• išaiškina žuvų išteklių naudojimą reglamentuojančių teisės aktų reikalavimų pažeidimus jūrų vandenyse, tiria ir nagrinėja administracinių nusižengimų bylas ir pagal kompetenciją pildo administracinių nusižengimų registrą;
• užtikrina 2009 m. spalio 22 d. Komisijos reglamento (EB) Nr. 1010/2009 39 straipsnyje nurodytos atsakingos bendros ryšių tarnybos funkcijų vykdymą bei renka ir tikrina informaciją apie neteisėtą, nedeklaruojamą ir nereglamentuojamą žvejybą vykdančių ar remiančių nacionalinių subjektų veiklą ir praneša apie tai Europos Komisijai;
• dalyvauja ES šalių narių jungtiniuose žvejybos patikrinimuose Baltijos jūroje ir krante,  vykdo žvejybos inspekcijas tolimuosiuose žvejybos rajonuose, dalyvauja ES šalių narių ir kitų valstybių jungtinės inspekcijos misijose;
• vykdo pirminio jūros žvejybos produktų pardavimo ir supirkimo kontrolę (priežiūrą), renka, kaupia, registruoja ir apibendrina duomenis apie pirminį žvejybos produktų pardavimą ir supirkimą;
• užtikrina ES ir Lietuvos Respublikos teisės aktuose numatytų reikalavimų dėl žuvininkystės produktų atsekamumo įgyvendinimą ir stebėseną, administruoja Žuvininkystės duomenų informacinės sistemos  žuvininkystės produktų atsekamumo modulį;
• administruoja ir organizuoja Žvejybos stebėjimo centro veiklą;
• atlieka veiksmus, susijusius su ES teisės aktų nustatyta žuvininkystės produktų importo, eksporto ir reeksporto tvarka;
• pagal kompetenciją administruoja ir tvarko Lietuvos žuvininkystės kontrolės ir stebėsenos informacines sistemas, koordinuoja priemones, užtikrinančias Lietuvos žuvininkystės kontrolės ir stebėsenos informacinių sistemų atitiktį naujausiems žuvininkystės srities ES ir nacionalinių teisės aktų reikalavimams, elektroninių žuvininkystės duomenų kokybę ir integralumą;
• pagal kompetenciją renka ir apibendrina duomenis apie Lietuvos Respublikos žvejybos laivų žvejybos sugavimus, iškrovimus, pardavimus bei kitus statistinius duomenis ir teikia juos Europos Komisijai bei kitoms institucijoms;
• tvarko žvejybos galimybių ir žvejybos pajėgumo jūrų vandenyse apskaitą, vykdo jų panaudojimo kontrolę, rengia Europos Komisijai ataskaitas apie pusiausvyrą tarp Lietuvos Respublikos  žvejybos laivų pajėgumo ir žvejybos galimybių;
• organizuoja Nacionalinės žuvininkystės duomenų rinkimo programos vykdymą pagal Žuvininkystės tarnybai teisės aktuose nustatytą kompetenciją ir apimtis bei dalyvauja ją įgyvendinant, renka, analizuoja ir apibendrina žuvininkystės sektoriaus duomenis, būtinus ES bendrajai žuvininkystės politikai vykdyti, ruošia juos teikti suinteresuotoms Lietuvos Respublikos, ES ir tarptautinių organizacijų institucijoms;
• išduoda ir tvirtina ES sugautų žuvų kiekio sertifikatus bei kitus sugautų žuvų kiekio dokumentus pagal regioninių žvejybos valdymo organizacijų priimtas sugautų žuvų kiekių dokumentavimo sistemas ir ES specialiuosius teisės aktus, išduodamus eksportuoti į trečiąsias šalis su Lietuvos Respublikos vėliava plaukiojančių žvejybos laivų sugautus žvejybos produktus, bei jų priedus ir kopijas, teikia šių dokumentų kopijas Europos Komisijai ir kitoms suinteresuotoms institucijoms ir organizacijoms;
• organizuoja  Lietuvos Respublikos žvejybos laivų varomojo variklio galios patikras;
• organizuoja žvejybos stebėtojų darbą Lietuvos Respublikos žvejybos laivuose;
• renka ir apibendrina duomenis apie Lietuvos Respublikos žvejybos laivų vykdomą žvejybą ir žvejybos pastangas;
• organizuoja žuvininkystės kontrolės priemonių įgyvendinimą ir naudojimą;
• išduoda verslinės ir specialiosios žvejybos jūrų vandenyse leidimus, sustabdo jų galiojimą, panaikina jų galiojimo sustabdymą ir galiojimą;
• sudaro pirminių žvejybos produktų supirkėjų sąrašą;
• išduoda Lietuvos Respublikos žvejybos laivų žvejybos žurnalus;
• atlieka procedūras dėl patvirtinto ekonominės veiklos vykdytojo statuso ūkio subjektams suteikimo, jo galiojimo sustabdymo ir galiojimo sustabdymo panaikinimo, rengia patvirtinto ekonominės veiklos vykdytojo pažymėjimus ir jų panaikinimo dokumentus;
• pagal kompetenciją rengia išsamias pažeidimų ir pranešimų apie patikrinimus ataskaitas Europos Komisijai, kitoms institucijoms, rengia kitus pranešimus ir ataskaitas tarptautinėms organizacijoms, Europos Komisijai, ES kompetentingoms institucijoms Departamento kompetencijai priskirtais klausimais;
• įtraukia Lietuvos Respublikos žvejybos laivus į Žvejojančių jūrų vandenyse laivų duomenų sistemą ir  išduoda Lietuvos Respublikos žvejybos laivų  liudijimus, juos keičia, sustabdo jų galiojimą, panaikina jų galiojimo sustabdymą ir galiojimą, teikia duomenis Europos Komisijai;
• organizuoja sklandų Lietuvos Respublikos žvejybos laivų veiklos regioninių žvejybos organizacijų reguliuojamose bei užsienio valstybių ekonominių zonų akvatorijose vykdymą;
• tvarko ūkio subjektams ir žvejybos laivų kapitonams už sunkius pažeidimus žuvininkystės srityje skirtų taškų apskaitą;
• pagal kompetenciją tiria pranešimus apie Lietuvos Respublikos žvejybos laivų žuvų išteklių apsaugą ir žvejybą tolimuosiuose žvejybos rajonuose reglamentuojančių teisės aktų pažeidimus;
• organizuoja individualių žvejybos galimybių jūrų vandenyse skyrimą ūkio subjektams, tvarko apsikeitimus žvejybos galimybėmis su ES valstybėmis narėmis ar užsienio valstybėmis bei apsikeitimus individualiomis žvejybos galimybėmis jūrų vandenyse su ES valstybėmis narėmis ar užsienio valstybėmis bei individualių žvejybos galimybių perleidimą ES valstybėms narėms ar užsienio valstybėms ir tarp Lietuvos Respublikos ūkio subjektų, vykdo žvejybos kvotų apskaitą bei jų panaudojimo kontrolę;
• užtikrina pasirengimą Perleidžiamųjų žvejybos teisių jūrų vandenyse suteikimo komisijos (toliau – komisija) posėdžiams, vykdo perleidžiamųjų teisių ir žvejybos galimybių apskaičiavimą bei komisijos sekretoriato funkcijas;
• administruoja Žuvininkystės kontrolės programą ir ją įgyvendina;
• rengia ir teikia Europos Komisijai dokumentus dėl trečiųjų šalių išduodamų licencijų Lietuvos Respublikos žvejybos laivams gavimo;
• rengia Lietuvos žvejybos Baltijos jūroje metinės kontrolės veiksmų programos projektą ir programą įgyvendina;
• pagal kompetenciją įgyvendina ES bendrosios rinkos organizavimo priemones, vykdo žvejybos produktų gamintojų organizacijų, akvakultūros produktų gamintojų organizacijų, žvejybos produktų gamintojų ir akvakultūros produktų gamintojų organizacijų asociacijų veiklos priežiūrą, teikia siūlymus dėl gamintojų organizacijų, jų susivienijimų pripažinimo, specialiojo pripažinimo ar pripažinimo panaikinimo tikslingumo;
• sudaro ir tvarko Lietuvos Respublikos žvejybos laivų, žvejojančių Baltijos jūroje, Baltijos jūros priekrantės žvejybos zonoje ir tolimuosiuose žvejybos rajonuose, žvejojančių menkes Baltijos jūroje, ir laivų, žvejojančių vidaus vandens telkiniuose, sąrašus;
• pagal kompetenciją bendradarbiauja su ūkio subjektais, konsultuoja ūkio subjektus Departamento kompetencijai priskirtais klausimais,  teikia jiems metodinę pagalbą, įgyvendina kitas prevencinio pobūdžio priemones, padedančias ūkio subjektams laikytis teisės aktų reikalavimų ir užkertančias kelią galimiems teisės aktų pažeidimams;
• pagal kompetenciją teikia siūlymus dėl nepagrįsto teisinio reglamentavimo keitimo ar naujų teisės aktų priėmimo, kuriuos įgyvendinus būtų šalinamos teisinio reglamentavimo spragos, efektyviau organizuojama ūkio subjektų veiklos priežiūra, mažinama reguliacinė ir priežiūros našta ūkio subjektams;
• pagal kompetenciją teikia pasiūlymus dėl bendradarbiavimo su kitų valstybių institucijomis ir tarptautinėmis organizacijomis, palaiko ryšius su Lietuvos Respublikos ir užsienio valstybių institucijomis ir tarptautinėmis organizacijomis;
• informuoja visuomenę apie Departamento veiklą, skleidžia ir populiarina informaciją apie žvejybos kontrolės ir stebėsenos priemones ir jų įgyvendinimo būtinybę kovojant su neteisėta, nedeklaruota ir nereglamentuota žvejyba, dalyvauja formuojant ir skatinant teigiamą bendrosios ES žuvininkystės politikos ir žuvininkystės sektoriaus įvaizdį;
• pagal kompetenciją nagrinėja asmenų prašymus, pareiškimus, skundus ir imasi reikiamų priemonių, kad būtų išspręsti juose keliami klausimai;
• pagal kompetenciją dalyvauja rengiant ir įgyvendinant ES, nacionalinėmis ir kitomis lėšomis finansuojamus su Departamento veiklos sritimis susijusius projektus;
• dalyvauja Žuvininkystės tarnybos ir kitų institucijų sudarytų komisijų ir darbo grupių veikloje;
• Žuvininkystės tarnybos vadovybei pavedus, pagal kompetenciją atstovauja Žuvininkystės tarnybai kitose institucijose ir įstaigose;
• pirkimo inicijavimo atveju, kaip pirkimo iniciatorius ir vykdytojas, atlieka einamąją ir paskesniąją finansų kontrolę pagal Žuvininkystės tarnybos finansų kontrolę reglamentuojančiuose teisės aktuose nustatytus veiksmus;
• pagal kompetenciją vykdo kitas teisės aktų numatytas funkcijas ir Žuvininkystės tarnybos vadovybės pavedimus.