ŽUVININKYSTĖS KONTROLĖS DEPARTAMENTO ŽVEJYBOS BALTIJOS JŪROJE KONTROLĖS SKYRIUS VYKDO ŠIAS FUNKCIJAS:

• kontroliuoja verslinę, specialiąją ir mėgėjų žvejybą Baltijos jūroje, nustatytose žvejybos produktų iškrovimo, pirminio pardavimo ir supirkimo vietose, žvejybos produktų perdirbimo įmonėse ir žvejybos produktų transportavimo metu;
• vykdo žuvų išteklių Baltijos jūroje specialiąją kontrolės ir inspektavimo programą;   
• pagal kompetenciją teisės aktuose nustatyta tvarka tiria neteisėtos, nedeklaruotos ir nereglamentuotos žvejybos Baltijos jūroje atvejus ir informuoja Europos Komisiją apie visas taikytas tyrimo priemones bei rezultatus;
• išaiškina žuvų išteklių naudojimą reglamentuojančių teisės aktų reikalavimų pažeidimus Baltijos jūroje, tiria ir nagrinėja administracinių nusižengimų bylas;
• tvarko administracinių nusižengimų bylas ir pagal kompetenciją pildo administracinių nusižengimų registrą;
• palydovinio ryšio žvejybos laivų stebėjimo ir kitomis sistemomis vykdo Baltijos jūroje žvejojančių laivų stebėjimą;
• priima išankstinius pranešimus iš Baltijos jūroje žvejojančių Lietuvos Respublikos ir ES žvejybos laivų apie numatomą atplaukimą į Klaipėdos valstybinį jūrų uostą;
• tikrina Baltijos jūroje žvejojančių Lietuvos Respublikos ir ES žvejybos laivų iškrovimo ir perkrovimo operacijas Klaipėdos valstybiniame jūrų uoste;
• dalyvauja ES šalių narių jungtiniuose žvejybos patikrinimuose Baltijos jūroje ir krante;
• vykdo pirminio Baltijos jūros žvejybos produktų pardavimo ir supirkimo kontrolę (priežiūrą);
• užtikrina ES ir Lietuvos Respublikos teisės aktuose numatytų reikalavimų dėl žuvininkystės produktų atsekamumo įgyvendinimą ir stebėseną, administruoja Žuvininkystės duomenų informacinės sistemos  žuvininkystės produktų atsekamumo modulį;
• pagal kompetenciją renka, kaupia, registruoja ir apibendrina duomenis apie pirminį žvejybos produktų pardavimą ir supirkimą;
• pagal kompetenciją dalyvauja rengiant išsamias pažeidimų ir pranešimų apie patikrinimus ataskaitas Europos Komisijai, kitoms institucijoms, teikia šias ataskaitas suinteresuotoms institucijoms;
• pagal kompetenciją dalyvauja Baltijos jūros regiono žvejybos rizikos valdymo strategijų ir analizės darbo grupėse;
• rengia Lietuvos žvejybos Baltijos jūroje metinės kontrolės veiksmų programos projektą ir ją pagal kompetenciją įgyvendina;
• įgyvendina Nacionalinę žuvininkystės duomenų rinkimo programą, pagal Skyriui nustatytą kompetenciją renka, kaupia ir analizuoja žuvininkystės sektoriaus duomenis, būtinus ES bendrajai žuvininkystės politikai vykdyti;
• įgyvendina Lietuvos žuvininkystės kontrolės programą;
• užtikrina tinkamą Žuvininkystės tarnybos žvejybos kontrolės laivų eksploatavimą;
• pagal kompetenciją bendradarbiauja su ūkio subjektais, konsultuoja ūkio subjektus Skyriaus kompetencijai priskirtais klausimais, teikia jiems metodinę pagalbą, įgyvendina kitas prevencinio pobūdžio priemones, padedančias ūkio subjektams laikytis teisės aktų reikalavimų ir užkertančias kelią galimiems teisės aktų pažeidimams;
• pagal kompetenciją teikia siūlymus dėl nepagrįsto teisinio reglamentavimo keitimo siekiant, kad būtų efektyviau organizuojama ūkio subjektų veiklos priežiūra, mažinama reguliacinė ir priežiūros našta ūkio subjektams;
• pagal kompetenciją teikia pasiūlymus dėl bendradarbiavimo su kitų valstybių institucijomis ir tarptautinėmis organizacijomis ir palaiko ryšius su Lietuvos Respublikos ir užsienio valstybių institucijomis ir tarptautinėmis organizacijomis;
• pagal kompetenciją rengia teisės aktų, sutarčių bei kitų dokumentų projektus, teikia pastabas ir pasiūlymus sutarčių ir kitų dokumentų projektams;
• atstovauja Žuvininkystės tarnybai Skyriaus kompetencijai priskirtais klausimais teismuose ir kitose institucijose;
• informuoja visuomenę apie Skyriaus veiklą, skleidžia ir populiarina informaciją apie žvejybos kontrolės ir stebėsenos priemones ir jų įgyvendinimo būtinybę kovojant su neteisėta, nedeklaruota ir nereglamentuota žvejyba, dalyvauja formuojant ir skatinant teigiamą bendrosios ES žuvininkystės politikos ir žuvininkystės sektoriaus įvaizdį;
• pagal kompetenciją nagrinėja asmenų prašymus, pareiškimus, skundus ir imasi reikiamų priemonių, kad būtų išspręsti juose keliami klausimai;
• pagal kompetenciją dalyvauja rengiant ir įgyvendinant ES, nacionalinėmis ir kitomis lėšomis finansuojamus su Skyriaus veiklos sritimis susijusius projektus;
• dalyvauja Žuvininkystės tarnybos ir kitų institucijų sudarytų komisijų ir darbo grupių veikloje;
• pirkimo inicijavimo atveju, kaip pirkimo iniciatorius ir vykdytojas, atlieka einamąją ir paskesniąją finansų kontrolę pagal Žuvininkystės tarnybos finansų kontrolę reglamentuojančiuose teisės aktuose nustatytus veiksmus;
• pagal kompetenciją vykdo kitas teisės aktų numatytas funkcijas, Žuvininkystės kontrolės departamento direktoriaus ir Žuvininkystės tarnybos vadovybės pavedimus.