Žuvivaisos departamentas vykdo šias funkcijas:

• rengia  siūlymus Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministerijai dėl saugomų, globojamų bei vertingų žuvų ir vėžių rūšių išteklių atkūrimo, palaikymo ir gausinimo strategijų ir programų, žuvivaisos darbų krypties ir apimčių, žuvų ir vėžių įveisimo į valstybinius vandens telkinius bei žuvų ir vėžių gaudymo žuvivaisai planų; 
• organizuoja žuvų ir vėžių įveisimo į valstybinius vandens telkinius planų įgyvendinimą ir šiuos planus įgyvendina;
• pagal technologinius reikalavimus veisia ir augina žuvis ir vėžius žuvų ir vėžių įveisimo į valstybinius vandens telkinius planų (programų) įgyvendinimui;
• įgyvendina valstybinius žuvų ir vėžių gaudymo žuvivaisai planus;
• vykdo specialiąją žvejybą pagal Žuvininkystės tarnybai nustatytą kompetenciją;
• vykdo Žuvininkystės tarnybai pavestas Aštriašnipių eršketų populiacijos atkūrimo Lietuvoje programos priemones;
• įgyvendina Europinių ungurių (Anguilla anguilla L.) išteklių valdymo planą;
• pagal kompetenciją įgyvendina žuvų ir vėžių išteklių atkūrimo, palaikymo ir gausinimo planus ir programas; 
• kaupia ir apibendrina informaciją apie Žuvininkystės tarnybos vykdomą žuvų ir vėžių įveisimą į valstybinius vandens telkinius, žuvų ir vėžių išteklius Žuvininkystės tarnyboje, žuvų ir vėžių gaudymo žuvivaisai rezultatus, rengia Žuvininkystės tarnybos atliktų žuvų ir vėžių išteklių atkūrimo ir gausinimo darbų ataskaitas;
• atlieka Žuvininkystės tarnybos auginamų žuvų ir vėžių parazitologinius, gyvenamosios aplinkos cheminius tyrimus, teikia išvadas, rekomendacijas ir metodinę pagalbą dėl žuvų ir vėžių  ligų prevencijos Žuvininkystės tarnyboje;
• kontroliuoja Žuvininkystės tarnybos tvenkinių, uždarųjų vandens apytakos sistemų, vandens talpyklų ir baseinų epizootinę būklę, tiria jų vandens kokybę ir teikia išvadas bei rekomendacijas, tiria išleidžiamo iš Žuvininkystės tarnybos tvenkinių vandens kokybę ir teikia rekomendacijas jos gerinimo klausimais;
• teikia pasiūlymus dėl Žuvininkystės tarnybos Žuvivaisos informacinės sistemos sukūrimo ir jos tobulinimo bei organizuoja priimtų sprendimų įgyvendinimą, tvarko Žuvivaisos informacinę sistemą ir ją administruoja; 
• pagal kompetenciją vykdo Biologinės įvairovės informacinės sistemos naudotojo funkcijas;
• organizuoja ir vykdo  žuvų migracijos ir neršto sąlygų gerinimo darbus, teikia metodinę pagalbą žuvų migracijos įrenginių įrengimo ir naudojimo klausimais;
• organizuoja ir vykdo migruojančių žuvų stebėseną, nustato Žuvininkystės tarnybos įrengtų žuvų pralaidų veikimo efektyvumą ir teikia pasiūlymus jam gerinti;
• prižiūri Žuvininkystės tarnybos valdomus žuvų migracijos kelius ir migracijos įrenginius;
• organizuoja Žuvininkystės tarnybai žuvų migracijos įrenginiams įrengti perduotų hidrotechnikos statinių priežiūrą ir kontroliuoja jos vykdymą;
• renka, kaupia, sistemina ir analizuoja Europinių ungurių (Anguilla anguilla L.) biologinius ir rekreacinės žvejybos bei kitus duomenis, būtinus ES bendrajai žuvininkystės politikai vykdyti;
• teikia Europinių ungurių (Anguilla anguilla L.) biologinius ir rekreacinės žvejybos bei kitus duomenis nacionaliniam korespondentui, suinteresuotoms Lietuvos Respublikos, ES ir tarptautinių organizacijų institucijoms;
• organizuoja ir vykdo perleidžiamosios teisės į žvejybos vidaus vandenyse kvotą ūkio subjektams suteikimą, galiojimo sustabdymą, galiojimo sustabdymo panaikinimą, perleidžiamosios teisės panaikinimą, organizuoja verslinės žvejybos vidaus vandenyse kvotų skyrimą, prižiūri ir įformina žvejybos kvotų vidaus vandenyse nuomą ar panaudą ir skirtų žvejybos kvotų perleidimą kitiems ūkio subjektams;
• pagal kompetenciją tvarko perleidžiamųjų žvejybos teisių registrą;
• išduoda teisės aktų nustatytos formos pažymas ūkio subjektams, gaminantiems žvejybos produktus vidaus vandenyse, apie einamaisiais kalendoriniais metais paskirtas verslinės žvejybos kvotas dėl akcizais neapmokestinamų gazolių, skirtų naudoti žuvininkystėje, įsigijimo, teikia mokesčių administratoriui informaciją apie ūkio subjektų verslinės žvejybos vidaus vandenyse kvotų panaudojimą;
• tvarko Svetimų rūšių introdukcijos ir nevietinių rūšių perkėlimo registrą;
• vertina ūkio subjektų prašymus išduoti leidimus introdukuoti svetimą arba perkelti nevietinę rūšį, išduoda ūkio subjektams leidimus introdukuoti svetimą arba perkelti nevietinę rūšį ir sustabdyti leidimų galiojimą, panaikinti leidimo galiojimo sustabdymą bei panaikinti leidimo galiojimą, įgyvendinant Tarybos reglamento (EB) Nr. 708/2007 nuostatas;
• sudaro uždarų akvakultūros sistemų Lietuvos Respublikos teritorijoje sąrašą ir reguliariai jį atnaujina.
• užtikrina aplinkos apsaugos reikalavimų įgyvendinimą Departamento padaliniuose;
• inicijuoja, rengia ir dalyvauja įgyvendinant ES, nacionalinėmis ir kitomis lėšomis finansuojamus su Departamento veiklos sritimis susijusius projektus, koordinuoja jų įgyvendinimą, rengia mokėjimų prašymus ir informaciją administruojančioms institucijoms, palaiko ryšius su projektų partneriais;
• organizuoja ir vykdo Žuvininkystės tarnybos projektų valstybės kapitalo investicijoms parengimą ir teikimą Žemės ūkio ministerijai, teikia informaciją apie valstybės kapitalo investicijų panaudojimą ir investicijų projektų vertinimo kriterijų  įvykdymą po kapitalo investicijų projektų įgyvendinimo;
• prižiūri ir esant poreikiui organizuoja Departamento hidrotechninių įrenginių ir statinių priežiūrą, užtikrina žuvininkystės tvenkinių bei kitų žuvininkystės objektų, biologinio ir kito turto apsaugą, užkertant kelią atsirasti turto trūkumui arba sugadinimui;
• teisės aktų nustatyta tvarka Žuvininkystės tarnybos naudojamų akvakultūros tvenkinių teritorijose vykdo žuvilesių paukščių ir medžiojamųjų gyvūnų gausos reguliavimo priemones;
• koordinuoja Žuvininkystės tarnybos biologinio turto (žuvų ir vėžių) kainų nustatymą;
• formuoja Departamento veiklos sričių vidaus teisinį reglamentavimą, pagal kompetenciją rengia teisės aktų ir sutarčių projektus, užtikrina, kad Departamento rengiami teisės aktų, sutarčių projektai atitiktų nacionalinės ir ES teisės aktų bei juridinės technikos reikalavimus; 
• užtikrina tinkamą Departamentui skirtos kompiuterinės ir programinės įrangos ir kompiuterių tinklų priežiūrą, apsaugą bei operatyvų gedimų šalinimą, aptarnauja kompiuterizuotas darbo vietas ir kompiuterių lokalų tinklą, užtikrina telefono ryšį;
• pagal kompetenciją konsultuoja fizinius ir juridinius asmenis;
• pagal kompetenciją inicijuoja bendradarbiavimo ryšius su Lietuvos Respublikos ir užsienio partneriais, inicijuoja ir rengia bendradarbiavimo sutarčių projektus, palaiko ryšius su kitų valstybių institucijomis, regioninėmis ir tarptautinėmis organizacijomis, atstovauja jose Žuvininkystės tarnybai;
• pagal Departamento kompetenciją atstovauja Žuvininkystės tarnybai ikiteisminėse institucijose ir teismuose nagrinėjamose bylose, rengia procesinius dokumentus ir atlieka procesinius veiksmus;
• nagrinėja fizinių ir juridinių asmenų prašymus, pasiūlymus, skundus ir pareiškimus, priskirtinus Departamento kompetencijai, imasi priemonių juose keliamiems klausimams spręsti;
• pirkimo inicijavimo atveju, kaip pirkimo iniciatorius ir vykdytojas, atlieka einamąją ir paskesniąją finansų kontrolę pagal Žuvininkystės tarnybos finansų kontrolę reglamentuojančiuose teisės aktuose nustatytus veiksmus;
• dalyvauja Žuvininkystės tarnybos ir kitų institucijų sudarytų komisijų ir darbo grupių veikloje;
• pagal kompetenciją vykdo kitas teisės aktų numatytas funkcijas ir Žuvininkystės tarnybos vadovybės pavedimus.