Žuvivaisos departamento pietų regiono žuvivaisos skyrius vykdo šias funkcijas:

• vykdo Skyriui nustatytas žuvų ir vėžių įveisimo į valstybinius vandens telkinius planų (programų) įgyvendinimo užduotis;
• pagal Žuvivaisos departamento Žuvų išteklių atkūrimo skyriaus užduotis veisia ir augina vėžius, peledes, sykus, sterkus, šamus, lydekas, karpius, ungurius, aštriašnipius eršketus ir kitas žuvis;
• augina Skyriui Žuvivaisos departamento Žuvų išteklių atkūrimo skyriaus nustatytų rūšių žuvų reproduktorius, reikalingus žuvų įveisimo į valstybinius vandens planų įgyvendinimui;
• suderinus su Žuvivaisos departamento Žuvų išteklių atkūrimo skyriumi dalyvauja įveisiant Skyriuje užaugintas žuvis į valstybinius vandens telkinius;
• prižiūri ir esant poreikiui organizuoja Skyriaus hidrotechninių įrenginių ir statinių priežiūrą, užtikrina Skyriaus žuvininkystės tvenkinių bei kitų žuvininkystės objektų, biologinio ir kito turto apsaugą, užkertant kelią atsirasti turto trūkumui arba sugadinimui;
• suderinus su Žuvivaisos departamento Žuvų išteklių atkūrimo skyriumi numatyta tvarka vykdo žuvų išgaudymą ir perkėlimą, atlieka kontrolinius apgaudymus;
• užtikrina žuvų ir vėžių veisimą ir auginimą uždaros vandens apytakos sistemose ir tvenkiniuose pagal technologinius reikalavimus;
• planuoja Skyriui reikalingų pašarų ir kitų materialinių vertybių įsigijimą ir inicijuoja bei pagal kompetenciją vykdo jų pirkimus;
• įgyvendina aplinkos apsaugos reikalavimus Skyriuje;
• organizuoja ir vykdo Skyriuje veisiamų ir auginamų žuvų ir vėžių gydymo ir profilaktikos priemones;
• teisės aktų nustatyta tvarka Skyriaus naudojamų akvakultūros tvenkinių teritorijose vykdo žuvilesių paukščių ir medžiojamųjų gyvūnų gausos reguliavimo priemones;
• dalyvauja įgyvendinant Žuvininkystės tarnybos vykdomus ES, nacionalinėmis ir kitomis lėšomis finansuojamus su saugomų, globojamų ir vertingų rūšių žuvų veisimo, šių žuvų išteklių atkūrimu ir gausinimu susijusius projektus;
• rengia suvestines ataskaitas apie Skyriaus inkubacijos, žuvų auginimo cechų ir tvenkinių panaudojimo rezultatus, Skyriaus veiklos planus ir ataskaitas;
• teikia informaciją apie žuvų ir vėžių įvesimo į valstybinius vandens telkinius užduočių įgyvendinimą ir kitus duomenis Žuvų išteklių  atkūrimo skyriui;
• pirkimo inicijavimo atveju, kaip pirkimo iniciatorius ir vykdytojas, atlieka einamąją ir paskesniąją finansų kontrolę pagal Žuvininkystės tarnybos finansų kontrolę reglamentuojančiuose teisės aktuose nustatytus veiksmus;
• pagal kompetenciją vykdo kitas teisės aktų numatytas funkcijas ir Žuvininkystės tarnybos  vadovybės bei Žuvivaisos departamento direktoriaus pavedimus.