Žuvivaisos departamento žuvų išteklių atkūrimo skyrius vykdo šias funkcijas:

• rengia  siūlymus Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministerijai dėl saugomų, globojamų ir vertingų žuvų ir vėžių rūšių išteklių atkūrimo, palaikymo ir gausinimo strategijų ir programų, žuvivaisos darbų krypties ir apimčių;
• rengia pasiūlymus dėl žuvų ir vėžių įveisimo į valstybinius vandens telkinius bei žuvų ir vėžių gaudymo žuvivaisai planų (programų); 
• koordinuoja ir kontroliuoja žuvų ir vėžių įveisimo į valstybinius vandens telkinius plano (programos) įgyvendinimą, rengia žuvų ir vėžių įveisimo į valstybinius vandens telkinius plano įgyvendinimo užduotis žuvis ir vėžius veisiantiems ir auginantiems Žuvivaisos departamento padaliniams ir kontroliuoja jų vykdymą;
• įgyvendina žuvų ir vėžių įveisimo į valstybinius vandens telkinius planus (programas);
• koordinuoja ir kontroliuoja valstybinio žuvų ir vėžių gaudymo žuvivaisai plano (programos) įgyvendinimą, rengia plano įgyvendinimo užduotis Žuvivaisos departamento padaliniams ir kontroliuoja jų vykdymą;
• įgyvendina valstybinius žuvų ir vėžių gaudymo žuvivaisai planus (programas);
• vykdo specialiąją žvejybą pagal Žuvininkystės tarnybai nustatytą kompetenciją;
• koordinuoja Europinių ungurių (Anguilla anguilla L.) išteklių valdymo plano įgyvendinimą ir dalyvauja jį vykdant; 
• koordinuoja ir organizuoja Aštriašnipių eršketų populiacijos atkūrimo Lietuvoje programos įgyvendinimą pagal Žuvininkystės tarnybai nustatytą kompetenciją ir vykdo programos priemones; 
• pagal kompetenciją įgyvendina žuvų ir vėžių išteklių atkūrimo, palaikymo ir gausinimo planus ir programas; 
• pagal Žuvivaisos departamento padalinių, įgyvendinančių žuvų ir vėžių įveisimo į valstybinius vandens telkinius planus, gamybinius pajėgumus ir įdiegtas technologijas nustato juose veistinų ir augintinų žuvų bei vėžių rūšis, augintinų žuvų ir vėžių reproduktorių  rūšis ir kiekius;
• organizuoja elektros žvejybos aparatų įsigijimą, registravimą ir priežiūrą bei vykdo jų apskaitą;
• organizuoja specialiosios žvejybos žurnalų įsigijimą, registravimą ir vykdo jų apskaitą;
• organizuoja specialiosios žvejybos leidimų gavimą Skyriui ir kitiems Žuvivaisos departamento padaliniams;
• kaupia ir apibendrina informaciją apie Žuvininkystės tarnybos vykdomą žuvų ir vėžių įveisimą į valstybinius vandens telkinius, žuvų ir vėžių išteklius Žuvininkystės tarnyboje, žuvų ir vėžių gaudymo žuvivaisai rezultatus, rengia Žuvininkystės tarnybos atliktų žuvų ir vėžių išteklių atkūrimo ir gausinimo darbų ataskaitas;
• teikia pasiūlymus dėl Žuvininkystės tarnybos Žuvivaisos informacinės sistemos sukūrimo ir jos tobulinimo bei organizuoja priimtų sprendimų įgyvendinimą, tvarko Žuvivaisos informacinę sistemą ir ją administruoja; 
• pagal kompetenciją vykdo Biologinės įvairovės informacinės sistemos naudotojo funkcijas;
• atlieka Žuvininkystės tarnybos auginamų žuvų ir vėžių parazitologinius tyrimus, teikia išvadas, rekomendacijas ir metodinę pagalbą dėl žuvų ir vėžių ligų prevencijos Žuvininkystės tarnyboje;
• kontroliuoja Žuvininkystės tarnybos tvenkinių, uždarųjų vandens apytakos sistemų, vandens talpyklų ir baseinų epizootinę būklę, tiria jų vandens kokybę ir teikia išvadas bei rekomendacijas, tiria išleidžiamo iš Žuvininkystės tarnybos tvenkinių vandens kokybę ir teikia rekomendacijas jos gerinimo klausimais;
• renka, kaupia, sistemina ir analizuoja Europinių ungurių (Anguilla anguilla L.) biologinius ir rekreacinės žvejybos bei kitus duomenis, būtinus ES bendrajai žuvininkystės politikai vykdyti;
• teikia Europinių ungurių (Anguilla anguilla L.) biologinius ir rekreacinės žvejybos bei kitus duomenis nacionaliniam korespondentui, suinteresuotoms Lietuvos Respublikos, ES ir tarptautinių organizacijų institucijoms;
• organizuoja ir vykdo  žuvų migracijos ir neršto sąlygų gerinimo darbus, teikia metodinę pagalbą žuvų migracijos įrenginių įrengimo ir naudojimo klausimais;
• organizuoja ir vykdo migruojančių žuvų stebėseną, nustato Žuvininkystės tarnybos įrengtų žuvų pralaidų veikimo efektyvumą ir teikia pasiūlymus jam gerinti;
• prižiūri Žuvininkystės tarnybos valdomus žuvų migracijos kelius ir migracijos įrenginius;
• organizuoja Žuvininkystės tarnybai žuvų migracijos įrenginiams įrengti perduotų hidrotechnikos statinių priežiūrą ir kontroliuoja jos vykdymą;
• organizuoja ir vykdo perleidžiamosios teisės į žvejybos vidaus vandenyse kvotą ūkio subjektams suteikimą, galiojimo sustabdymą, galiojimo sustabdymo panaikinimą, perleidžiamosios teisės panaikinimą ir perleidimą, organizuoja verslinės žvejybos vidaus vandenyse kvotų skyrimą, prižiūri ir įformina žvejybos kvotų vidaus vandenyse nuomą ar panaudą ir skirtų žvejybos kvotų perleidimą kitiems ūkio subjektams;
• pagal kompetenciją tvarko perleidžiamųjų žvejybos teisių registrą;
• išduoda teisės aktų nustatytos formos pažymas ūkio subjektams, gaminantiems žvejybos produktus vidaus vandenyse, apie einamaisiais kalendoriniais metais paskirtas verslinės žvejybos kvotas dėl akcizais neapmokestinamų gazolių, skirtų naudoti žuvininkystėje, įsigijimo, teikia mokesčių administratoriui informaciją apie ūkio subjektų verslinės žvejybos vidaus vandenyse kvotų panaudojimą;
• tvarko Svetimų rūšių introdukcijos ir nevietinių rūšių perkėlimo registrą;
• vertina ūkio subjektų prašymus išduoti leidimus introdukuoti svetimą arba perkelti nevietinę rūšį, išduoda ūkio subjektams leidimus introdukuoti svetimą arba perkelti nevietinę rūšį ir sustabdyti leidimų galiojimą, panaikinti leidimo galiojimo sustabdymą bei panaikinti leidimo galiojimą, įgyvendinant Tarybos reglamento (EB) Nr. 708/2007 nuostatas;
• sudaro uždarų akvakultūros sistemų Lietuvos Respublikos teritorijoje sąrašą ir reguliariai jį atnaujina;
• koordinuoja Žuvininkystės tarnybos biologinio turto (žuvų ir vėžių) kainų nustatymą;
• koordinuoja Žuvininkystės tarnybos projektų valstybės kapitalo investicijoms parengimą ir informacijos teikimą Žemės ūkio ministerijai;
• teikia informaciją apie valstybės kapitalo investicijų panaudojimą ir investicijų projektų vertinimo kriterijų  įvykdymą po kapitalo investicijų projektų įgyvendinimo;
• teikia žuvis ir vėžius veisiančių ir auginančių Žuvivaisos departamento padalinių pateiktus Taršos šaltinių išmetamų / išleidžiamų teršalų monitoringo nenuolatinių matavimų bei kitus privalomus duomenis, „Nuotekų tvarkymo apskaitos“, „Vandens naudojimo apskaitos“ ir kitas privalomas ataskaitas į Aplinkos informacijos valdymo integruotą kompiuterinę sistemą;
• formuoja Žuvivaisos departamento veiklos sričių vidaus teisinį reglamentavimą, pagal kompetenciją rengia teisės aktų ir sutarčių projektus, užtikrina, kad Žuvivaisos departamento rengiami teisės aktų, sutarčių projektai atitiktų nacionalinės ir ES teisės aktų bei juridinės technikos reikalavimus; 
• pagal Žuvivaisos departamento kompetenciją atstovauja Žuvininkystės tarnybai ikiteisminėse institucijose ir teismuose nagrinėjamose bylose, rengia procesinius dokumentus ir atlieka procesinius veiksmus;
• inicijuoja, rengia ir dalyvauja įgyvendinant ES, nacionalinėmis ir kitomis lėšomis finansuojamus su Žuvivaisos departamento veiklos sritimis susijusius projektus, koordinuoja jų įgyvendinimą, rengia mokėjimų prašymus ir informaciją administruojančioms institucijoms, palaiko ryšius su projektų partneriais;
• pagal kompetenciją užtikrina tinkamą Skyriui ir kitiems Žuvivaisos departamento padaliniams skirtos Žuvininkystės tarnybos kompiuterinės ir programinės įrangos bei kompiuterių tinklų priežiūrą, apsaugą bei operatyvų gedimų šalinimą, aptarnauja kompiuterizuotas darbo vietas ir kompiuterių lokalų tinklą, užtikrina telefono ryšį;
• pagal kompetenciją konsultuoja fizinius ir juridinius asmenis bei kitus Žuvivaisos departamento padalinius;
• pagal kompetenciją inicijuoja bendradarbiavimo ryšius su Lietuvos Respublikos ir užsienio partneriais, inicijuoja ir rengia bendradarbiavimo sutarčių projektus, palaiko ryšius su Lietuvos Respublikos ir kitų valstybių institucijomis, regioninėmis ir tarptautinėmis organizacijomis, atstovauja jose Žuvininkystės tarnybai;
• nagrinėja fizinių ir juridinių asmenų prašymus, pasiūlymus, skundus ir pareiškimus, priskirtinus Skyriaus kompetencijai, imasi priemonių juose keliamiems klausimams spręsti;
• pirkimo inicijavimo atveju, kaip pirkimo iniciatorius ir vykdytojas, atlieka einamąją ir paskesniąją finansų kontrolę pagal Žuvininkystės tarnybos finansų kontrolę reglamentuojančiuose teisės aktuose nustatytus veiksmus;
• pagal kompetenciją vykdo kitas teisės aktuose numatytas funkcijas, Žuvininkystės tarnybos vadovybės ir Žuvivaisos departamento direktoriaus pavedimus.