2016-2020 metų Lietuvos žuvininkystės kontrolės programą (Programa) įgyvendina Žuvininkystės tarnyba prie Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministerijos (Žuvininkystės tarnyba), Programos įgyvendinimo priežiūrą vykdo Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministerija. Įgyvendinant Lietuvos žuvininkystės 2014‒2020 metų veiksmų programos trečiojo Sąjungos prioriteto „BŽP įgyvendinimo skatinimas“ nuostatas, 2016-2020 m. Programai skiriamos Europos jūrų reikalų ir žuvininkystės fondo paramos lėšos.
Programos tikslas – laikantis Europos Sąjungos bendrosios žuvininkystės politikos taisyklių užtikrinti Lietuvos Respublikos žuvininkystės kontrolės priemonių įgyvendinimą ir efektyvumą.
Programa yra įgyvendinama vykdant 2009 m. lapkričio 20 d. Tarybos reglamento (EB) Nr. 1224/2009, nustatančio Bendrijos kontrolės sistemą, kuria užtikrinamas bendrosios žuvininkystės politikos taisyklių laikymasis, iš dalies keičiančio reglamentus (EB) Nr. 847/96, (EB) Nr. 2371/2002, (EB) Nr. 811/2004, (EB) Nr. 768/2005, (EB) Nr. 2115/2005, (EB) Nr. 2166/2005, (EB) Nr. 388/2006, (EB) Nr. 509/2007, (EB) Nr. 676/2007, (EB) Nr. 1098/2007, (EB) Nr. 1300/2008, (EB) Nr. 1342/2008 ir panaikinančio reglamentus (EEB) Nr. 2847/93, (EB) Nr. 1627/94 ir (EB) Nr. 1966/2006 su paskutiniais pakeitimais, padarytais reglamentu (ES) Nr. 508/2014, ir 2011 m. balandžio 8 d. Komisijos įgyvendinimo reglamento (ES) Nr. 404/2011, kuriuo nustatomos išsamios Tarybos reglamento (EB) Nr. 1224/2009, nustatančio Bendrijos kontrolės sistemą, kuria užtikrinamas bendrosios žuvininkystės politikos taisyklių laikymasis, įgyvendinimo taisyklės, 2014 m. liepos 15 d. Komisijos įgyvendinimo sprendimo Nr. 2014/464/ES, kuriuo nustatomi su Europos jūros reikalų ir žuvininkystės fondo veikla susiję vykdymo užtikrinimo ir kontrolės politikos Sąjungos prioritetai, ir kitų žuvininkystės kontrolę reglamentuojančių teisės aktų nuostatas, taip pat vadovaujantis 2016-2020 m. Lietuvos žuvininkystės kontrolės programos įgyvendinimo taisyklėmis, patvirtintomis Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministro 2016 m. kovo 17 d. įsakymu Nr. 3D-137, ir Lietuvos Respublikos žemės ūkio ministro 2015 m. gruodžio 16 d. įsakymu Nr. 3D-927 „Dėl 2016-2020 m. Lietuvos žuvininkystės kontrolės programos patvirtinimo“.
Programos laikotarpiu vykdoma sustiprinta žuvininkystės išteklių kontrolė pagal patvirtintas specialiąsias kontrolės ir inspektavimo programas, įgyvendinamas Lietuvos žuvininkystės kontrolės sistemos stiprinimo veiksmų planas, tobulinamos ir atnaujinamos su kitomis žuvininkystės kontrolės informacinėmis sistemomis integruotos kompiuterizuotos duomenų, elektroninių žvejybos žurnalų, palydovinės žvejybos laivų stebėjimo sistemos ir patvirtinimo sistema, kuria atliekamas kryžminis duomenų patikrinimas, duomenų analizė ir nustatomos klaidos bei gerinamas duomenų integralumas, modernizuojami turimi žvejybos kontrolės laivai, skirti žvejybos stebėsenai ir kontrolei užtikrinti Baltijos jūroje, įsigyjamos reikalingos priemonės tinkamai vykdyti šalies įsipareigojimus žuvininkystės kontrolės srityje, vykdomos mokymo ir mainų programos, įskaitant tarp valstybių narių, skirtas už žuvininkystės veiklos stebėseną, kontrolę ir priežiūrą atsakingiems darbuotojams, didinamas žvejų, kitų suinteresuotų asmenų ir visuomenės supratimas apie ES bendrosios žuvininkystės politikos taisyklių įgyvendinimą ir būtinybę kovoti su neteisėta, nedeklaruota ir nereglamentuojama žvejyba.